著作権の保護期間は著作者の死後５０年なので、家紋の使用は著作権の侵害にはなりません。（但し、家紋集などの印刷物やデザインデータ、写真などには著作権があります）

しかし、家紋の中には、商標登録されている物もあります。

商標権は非親告罪なので、権利者が訴えなくても罪に問われます。

商標権の存続期間は１０年ですが、登録の更新をすることにより、半永久的に権利を存続させることができます。
従って、商標登録されている家紋と同一又は類似のデザインは、同一又は類似の指定商品や指定役務には使用できません。

使用許可を得れば、商標権の侵害にはなりませんが、二次創作である以上、一般社会とは距離を置くべきです。
二次創作物を目にした権利者が不快に思い、原作企業に注意を促す可能性も有り得ます。
そうなると、二次創作に対する規制が強化されることも考えられますので、許可が必要な場合は使えないと思った方が良いでしょう。